Para diferentes técnicas se utilizan diferentes espesores de tejido, por lo tanto tenemos que hacer secciones de los tejidos que queremos estudiar que pueden ir desde un grosor de unas 5 hasta 50 µm o más. Cuanto más delgada queramos hacer una sección de tejido más endurecido ha de estar el mismo. La manera más directa de endurecer el tejido es mediante congelación.
Los aparatos mecánicos para hacer secciones de un grosor de micrómetros se denominan micrótomos y existen diferentes tipos según el grosor que queramos conseguir en nuestras secciones, el medio de inclusión en el que se encuentre el tejido o si se ha endurecido por congelación o por inclusión.
Los micrótomos más usados son:
Micrótomo para parafina: Se utiliza principalmente para material incluido en parafina y se obtienen secciones de 5 a 20 µm de grosor, para observar con el microscopio óptico.
Micrótomo de congelación: Con él se consiguen secciones de 30 a 80 µm de material congelado para su observación con el microscopio óptico.
Criostato: Consigue secciones a partir de material congelado y se obtienen grosores de 8 a 40 µm, para observar con el microscopio óptico.
La congelación de los tejidos es una manera rápida de endurecerlos sin necesidad de inclusión, por lo que la preservación molecular es máxima. Pero para preservar correctamente la estructura del tejido ha de ser una congelación muy rápida lo que evita la formación de cristales de hielo que deterioran las estructuras celulares.
Los dos aparatos más usados para realizar cortes por congelación son el micrótomo de congelación y el criostato.
Criostato. El mecanismo de rotación y corte del criostato se encuentra dentro de 
una cámara refrigerada, a una temperatura entre -20 y -30 °C. En esta cámara se encuentra la muestra, la cuchilla y es donde se recogen las secciones, proceso mediante el que se pegan las secciones a un portaobjetos. El criostato se utiliza para obtener secciones por congelación de 8 a 40 µm, aproximadamente. La congelación se suele hacer en una plataforma dentro de la propia cámara refrigerada con el sistema de Peltier. También se puede congelar el tejido externamente con la rapidez que deseemos, por ejemplo con nitrógeno líquido, pero es conveniente colocar la muestra en la cámara del criostato hasta que consiga igualar su temperatura con la de ésta para obtener secciones homogéneas. Antes de la congelación, la muestra se encastra en un medio que es líquido a temperatura ambiente y sólido a la de corte. Por tanto, tenemos nuestra muestra en un bloque sólido, encastrado pero no incluido. Esto permite manipular la muestra y adherirla a un soporte portamuestras, el cual se fijará a un eje que avanza sobre la cuchilla.
El micrótomo de congelaciónrealiza cortes de 20-50 µm de grosor y consiste en una plataforma que se enfría a bajas temperaturas sobre la que se coloca la muestra. Tras cada corte la plataforma se eleva un espacio correspondiente al grosor de corte seleccionado. En los micrótomos de congelación se produce la congelación mediante gas carbónico que se suministra regularmente. Se produce la congelación entre -30 a -40 °C. Las secciones que se obtienen, se recogen con un pincel, se añaden a un recipiente con tampón de trabajo y se procesan según el protocolo indicado.